生命个体可以说是一个复杂而庞大的化学系统
为了维持生命的延续生命也在不断自我演化。而演化的基础就是DNA了,DNA用4个碱基的排列组合完整地保存着遗传信息,并利用RNA至蛋白的方法进行解码,构筑起整个生命体的基础结构。这种DNA的4碱基模式被认为是生命的基本存在形式,但是DNA只有4种碱基才能存在吗?Science上的最新文章给出了答案:8种碱基的DNA也能存在。
哈佛大学带头的科学团队报道了一种全新的DNA,它不是由4种碱基构成,而是8种。当然这种全新的DNA不是自然界产生的,而是由科学家合成出来的,其被称作hachimoji DNA(在日语中hachi代表8,moji代表符号)。这种8碱基的DNA可以正常支持生命体的活动,就像4碱基DNA一样。其结构也能按照预期进行碱基配对,并转录成RNA并指导蛋白质合成。
在生物学的研究中,最关键也离不开的就是遗传信息,无论是储存、传递还是演化,都影响着包括人类在内的所有生命体的生存。现代生物学已经发现遗传信息的载体就是DNA,双螺旋的结构上连接着同样大小的脱氧核糖核苷酸碱基,两条链相对应的碱基用氢键紧密结合。
物理学家薛定谔认为,这种稳定的DNA结构得益于碱基大小刚好合适,可以让其构建成“非周期性晶体”(Aperiodic Crystal)。一般常见物质都是由周期性晶体构成,组合出来的是一个没有生命现象的物理世界,如同马赛克地板,虽然好看却没有生气;而非周期性晶体(好似不规则凸多面体)可以组成千姿百态的生命体世界,出现生命现象。
薛定谔认为非周期性晶体保证了DNA分子信息的储存能力和无误的信息破解能力,并且它保证了DNA序列上碱基出现变化时不会直接对整个DNA结构产生破坏性的影响。南加州大学的分子生物学家Myron F。 Goodman在上世纪末就已经证明,氢键并不是必需的。而碱基的大小统一非常重要。这让科学家开始创造碱基类似物,并将其混入到双螺旋、体外核酸链以及活细胞中。7年前,科学家就已经把基因编码碱基从4种提升至6种。
第二代6碱基DNA
我们的高中都学过,DNA就是4个碱基A、T、G、C(腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤、胞嘧啶)组成的。在65年前,沃森和克里克发现DNA双螺旋后就随后证实,它们按照A-T,G-C的两种方式进行组合。2012年,美国斯克利普斯研究所的合成生物学家Floyd E。 Romesberg就创造出了第三对DNA碱基组合,它称其为5SICS-NaM。他检测了在这对新碱基加入后DNA的效率和保真性,发现能达到99.9%。
这也打开了DNA碱基合成生物学的大门,时隔2年,Romesberg就将这个6碱基系统导入了大肠杆菌中。意外地是,细菌对这种外来的新碱基并不排斥,相反它们还将其当做DNA组件,完成了双螺旋构建。为了简化碱基的名称,Romesberg将其定义为X-Y碱基,其表示,尽管只多了两个碱基,细胞可以合成的氨基酸数目就将从20种变成172种。
第三代8碱基DNA
在当年Romesberg的6碱基系统释出时,Steven A。 Benner称赞其这是“巨大的成就”,“更新了自然的规则”。6个碱基的系统,在利用氢键进行双链连接后,DNA同样可以完整地进行复制,并且能够完成生物学的基础pCR实验。这激起了Benner极大地兴趣,他提出一个问题,DNA双螺旋的分子极限在哪里?变成8个碱基后是不是还能维持薛定谔的非周期性晶体结构?
5年后,Benner与多个单位合作给出了答案。他开发出了8碱基系统,他将新增的碱基命名为Z-p和S-B碱基,它们与天然的碱基一样可以进行一一对应,并利用氢键结合。来自印第安纳大学医学院的研究团队展示了8碱基DNA的晶体结构,“新的DNA晶体结构完整,保持了正确的碱基配对,同时没有丢失天然DNA的关键性特征。”Millie Georgiadis表示。