双色单倍体基因筛查确定了参与HIV-1潜伏期的新宿主因素
为了确定新的宿主因子作为逆转HIV-1潜伏潜伏期的靶点,我们在HIV-1感染的假单倍体KBM7细胞系(Hap-Lat)中进行了插入突变基因筛选。突变后,插入被定位到基因组,生物信息学分析结果确定了69个参与维持HIV-1潜伏期的候选宿主基因。在shr-1细胞株中,用短链RNA介导的短链RNA进行了功能验证。我们确认ADK、CHD9、CMSS1、EVI2B、EXOSC8、FAM19A、GRIK5、IRF2Bp2、NF1和USp15是参与维持HIV-1潜伏期的新的宿主因子。染色质免疫沉淀分析表明,CHD9是一种色域解旋酶DNA结合蛋白,通过与HIV-1 5′长末端重复序列(LTR)直接相关来维持HIV-1潜伏期,其缺失导致HIV-1启动子组蛋白乙酰化增加,同时HIV-1潜伏期逆转。FDA批准的抑制剂5-碘酰脲嘧啶、曲美替尼和托吡酯分别靶向ADK、NF1和GRIK5,其潜伏期逆转电位被鉴定。而5-碘结核杆菌素在J-Lat和原代CD4中均表现出显著的细胞毒性+T细胞、曲美替尼逆转J-Lat细胞的潜伏期,但对HIV-1感染的原代CD4细胞无逆转作用+T细胞。重要的是,托吡酯逆转了细胞系模型中潜伏感染的原代CD4的潜伏期+T细胞,尤其是CD4细胞+三名HIV-1感染者(pLWH)的T细胞接受抑制性抗逆转录病毒治疗,未诱导T细胞活化或显著毒性。因此,利用单倍体正向遗传筛选的适应性,我们确定了新的和可药物治疗的宿主因素,这些因素会导致HIV-1潜伏期。
重要性在联合抗逆转录病毒疗法(cART)的存在下,HIV-1潜伏感染细胞的蓄积,是病毒根除的主要障碍。HIV-1潜伏病毒的活化是治疗策略的一部分,其目的是促进感染细胞的清除。利用双色单倍体筛选,我们确定了69个候选基因作为潜伏期维持宿主因子,并在功能上验证了HIV-1潜伏期的基于T细胞的细胞系模型中的10个候选基因。我们进一步证明CHD9与HIV-1的启动子5′LTR有关,而这种联系在激活后就消失了。此外,我们对以ADK、NF1和GRIK5为靶点的FDA化合物的潜伏期逆转潜力进行了表征,并确定GRIK5抑制剂托吡酯是一种具有临床应用潜力的潜伏期逆转剂。