Janne Lehtiö教授和同事最近在Nature Cancer 发表了一篇关于肺癌样本蛋白质组和基因组学的研究。

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什么是基于蛋白质组的医学？

蛋白质组是细胞或特定组织中存在的所有蛋白质的快照。卡罗琳斯卡研究所肿瘤病理学系教授Janne Lehtiö说，基于蛋白质组的医学是测量它们，并利用这些信息了解疾病，例如指导治疗的选择。

它与基于基因组的医学有何不同？

基于基因组的医学是利用基因组信息——细胞中的DNA——进行诊断或选择治疗。但在细胞中发挥功能的是蛋白质，而蛋白质是几乎所有药物的靶点。这就是为什么我们需要有关蛋白质的信息来理解健康和疾病背后的机制。

你能从蛋白质组数据中学到什么？

许多复杂的疾病，如糖尿病和癌症，不是由一个而是由基因组中的多个变化引起的。正因为如此，很难弄清楚它们是如何共同导致这种疾病的。但在蛋白质水平上，多重基因组变化的影响更为明显，这使我们有机会了解如何最好地治疗这种疾病。

我与蛋白质基因组学合作，这涉及到结合基因组和蛋白质组的信息。例如，它可以回答关于突变如何影响所有细胞蛋白质或多种药物靶蛋白活性的问题。

基于蛋白质组的医学研究进展如何？

在过去五年中，同时测量大量蛋白质的技术已经开发出来，因此，我们现在可以测量临床样本中的蛋白质组。我们知道蛋白质组提供了有趣的信息，我们开始看到一些激动人心的论文，在其他疾病中显示了不同形式的癌症。迄今为止，这项研究主要集中在分析已经收集的肿瘤材料。我们现在必须在治疗决策时开始分析患者样本，以便分析与其他数据相关的信息如何影响临床决策。

这会如何影响癌症患者的护理？

在一天结束时，这意味着能够选择最好的信息利用我们对患者蛋白质组的了解，对患者进行治疗，避免您怀疑无效的治疗。我还相信，如果我们想了解如何最好地将抗癌药物组合成一种有效的鸡尾酒，基于蛋白质组的医学和蛋白质基因组学将是至关重要的。

我们发现，我们可以使用蛋白质组将肿瘤分成新的亚组，这些亚组以一种有趣的方式彼此不同。肿瘤利用一系列机制来逃避免疫系统，这些机制因群体而异。这是有价值的信息，因为它决定了患者是否会得到某些免疫疗法的帮助，这些免疫疗法是重要的现代癌症药物。

下一步研究

我们将开始对卡罗林斯卡大学医院收治的肺癌患者进行蛋白质组分析。我们的工作将成为卡罗琳斯卡研究所精确医学工作组下开始的肺癌试验的一部分。

首先，我们将与其他数据类型同时收集蛋白质组数据。我们将看到患者对她接受的治疗有何反应，以及我们是否能够从蛋白质组的研究结果中更准确地预测这种反应。随后可能会进行一项研究，在该研究中，患者的蛋白质组数据可以决定采用何种治疗方法，以观察其疗效是否优于当前选择治疗的方法。