伦敦大学学院(UCL)和伦敦弗朗西斯克里克研究所(Francis Crick Institute)的科学家们开发了一种新工具，可以快速估计癌症肿瘤中T细胞(免疫细胞)的数量*;随着T细胞丰度帮助预测患者对免疫治疗的反应，研究人员希望这可以使更有针对性和有效的癌症治疗成为可能。

英国癌症研究中心(Cancer Research UK)资助的TRACERx项目发表在《自然》(Nature)杂志上，作为该项目的一部分，科学家们分析了来自患者癌变肿瘤的DNA测序数据，看看能否量化样本中T细胞的比例。

通讯作者Nicholas McGranahan博士(伦敦大学学院癌症研究所)解释了这项研究，他说:“DNA测序经常用于对癌症患者的肿瘤进行分层，并了解癌症是如何发展的。

“免疫细胞对控制癌症、影响患者生存和指导治疗非常重要，对免疫细胞的估计在过去不可能仅仅从DNA测序数据进行估计。

“我们的目标是探索是否可以开发出一种新方法，无需更多数据，直接从DNA测序来阐明免疫细胞。”

DNA测序让科学家们能够看到个体肿瘤是如何发展的进化史。在这项研究中，他们开发了一种工具(或方法)来“回顾”和计算T细胞“VDJ重组”的水平;这是T细胞的一个过程，在这个过程中，它们被重组或改变，并被赋予工具，使它们能够识别并攻击入侵者。

具体来说，他们发现了一个“信号”，表明T细胞成熟所需的T细胞受体删除环(TRECs)的缺失，这发生在VDJ重组期间。通过给这种“损失”打分，他们能够准确估计肿瘤中存在的T细胞的数量。

McGranahan博士补充道:“我们发现这个分数可以用来预测对免疫治疗和免疫逃避机制的反应。

“这种评分也可以应用于从通常采集的正常血液样本中获得的DNA测序数据，这些样本直到现在还不能系统地分析免疫内容。”

为什么这将有助于免疫治疗

检查点抑制剂(checkpoint inhibitors, CpIs)是一种免疫疗法，近年来已成为治疗多种癌症的革命性疗法。

CpIs通过阻断一种叫做检查点的蛋白质发挥作用，这种蛋白质是由T细胞产生的;这些检查点有助于防止免疫反应过于强烈，有时还能阻止T细胞杀死癌细胞。当这些检查点被阻断时，T细胞可以更好地杀死癌细胞。

预测免疫治疗可能成功的生物标志物之一是T细胞的数量。可供CpIs适应的T细胞越多，被消灭的癌细胞就越多。

第一作者Robert Bentham博士是伦敦大学学院癌症研究所的高级研究员，他说:“直接通过DNA测序来量化T细胞浸润，无需额外的数据就能更有效地预测患者对治疗的反应。

“事实上，除了标准的DNA测序，我们开发的过程不需要额外的时间和成本。

“我们的工具也将使更多的研究进入免疫系统，而不仅仅是在癌症的背景下。”

科学家们表示，由于该工具迄今为止只在研究中使用过，他们还需要进一步开发，才能将其用于临床。

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*该工具/方法可以在任何测序数据上工作。

** VDJ重组也发生在B细胞(在不同的基因)。这种方法将来可以推广到B细胞。

10.1038/s41586-021-03894-5

'Harnessing sequencing data to quantify T cell fraction and therapy response'