Nature Communications:DNA聚合酶错误掺入导致基因组不稳定性的机制
内源性和外源性因素会造成各种类型的DNA损伤,其中DNA双链断裂(DSB)是最为严重的一种DNA损伤类型,如不能及时修复将极大的影响基因组的稳定性,甚至导致细胞死亡。非同源末端连接(NHEJ)途径是DSB修复的主要方式之一[1]。X-家族DNA聚合酶(pol λ、pol μ、TdT)参与NHEJ过程并填补损伤DNA缺口[2]。在NHEJ过程中,pol μ能够在一定程度上错误掺入dGTp,其错配产物会进一步激活NHEJ下游反应[3]。然而pol μ进行错误掺入导致基因组不稳定性的具体机制尚不清楚。
2021年6月18日,浙江大学生命科学学院赵烨教授和华跃进教授团队在Nature Communications杂志发表了题为“Mechanism of genome instability mediated by human DNA polymerase mu misincorporation”的研究成果。该论文研究了DNA聚合酶μ(pol μ)错误掺入dGTp及其反应过程,并鉴定发现了识别和稳定掺入核苷酸的关键氨基酸位点,揭示了DNA聚合酶错误掺入导致基因组不稳定性的分子机制(https://www.nature.com/articles/s41467-021-24096-7)。
前人的研究结果表明pol μ对于较大缺口DNA底物的填补存在“跳跃复制”的现象,即正确掺入的核苷酸会跳过常规模板碱基,与下游的缺口碱基形成沃森克里克(WC)配对,这极易造成DNA的移码突变(图a)[4]。研究人员首先测量了pol μ错误掺入的酶动力学参数,并发现其尽管具有保守的活性中心,但错误掺入的核苷酸始终保持与DNA引物链3ʹ末端碱基堆积。两个独特的氨基酸残基位点(Q441和K438)与错配碱基对相互作用,表明其发生错误掺入并不存在“跳跃复制”现象。
研究人员进一步研究了pol μ对于单核苷酸缺口DNA底物的错误掺入过程。研究结果表明pol μ具有显著的刚性结构特征,其能够很好的固定模板DNA,导致错误掺入的核苷酸无法稳定于活性中心。此外,pol μ在错误掺入后仍具有较弱的引物延伸能力,即在错误掺入一个核苷酸后,下一个核苷酸仍然能够进入到聚合酶的活性中心,并被新生成的引物链末端碱基通过氢键相互作用所稳定,这个现象对于DNA聚合酶来说极为少见。
总的来说,DNA聚合酶的错误掺入会造成碱基替换或者移码突变,最终导致基因组的不稳定性。该研究揭示了pol μ填补不同DNA底物发生错误掺入的不同机制,并暗示了其在NHEJ途径中较其他DNA聚合酶具有潜在更强的致突变性。
浙江大学生命科学学院博士生郭淼为本研究论文的第一作者。浙江大学生命科学学院赵烨教授和华跃进教授为该论文通讯作者。该研究得到国家重点研发计划,基金委自然科学基金的支持,上海同步辐射光源(SSRF)BL-17U对该研究提供了技术支持。
1.Scully, R.et al., DNA double-strand break repair-pathway choice in somatic mammalian cells. Nat Rev Mol Cell Biol 20, 698-714 (2019).
2.Yang, W. & Gao, Y. Translesion and Repair DNA polymerases: Diverse Structure and Mechanism. Annu Rev Biochem87, 239-261 (2018).
3.Caglayan, M. & Wilson, S.H. pol mu dGTp mismatch insertion opposite T coupled with ligation reveals promutagenic DNA repair intermediate. Nat Commun9, 4213 (2018).
4.Moon, A.F.et al., Creative template-dependent synthesis by human polymerase mu. proc Natl Acad Sci U S A112, E4530-6 (2015).