Bionano Genomics公司一直致力于开发光学图谱技术。随着Saphyr平台的检测通量不断提升，这一技术打破了结构变异检测的瓶颈，正越来越多地应用于科研和临床。近日，Bionano的股价突然上涨了40%，这是为什么？

原来，最近发表在BioRxiv预印本网站上的一篇文章证明了Bionano的光学图谱技术在检测de novo测序数据中的结构变异（SV）时表现出色。在文中，人类基因组结构变异联盟的研究人员展示了定相基因组组装的资源，它们对应于32个不同人类基因组的64个单倍型。

该联盟成员开发出一种定相基因组组装的方法，融合了长读长的pacBio全基因组测序数据和Strand-seq数据，以产生完全定相的二倍体基因组组装。同时，他们还利用Bionano的Saphyr平台来发现新颖的结构变异，其目标是全面了解结构变异的复杂性，包括那些无法通过长读长测序解析的区域。

虽然文章没有对pacBio和Bionano平台进行正面对比，但Bionano在一份声明中指出，对于Bionano光学图谱技术在32个基因组中检测到的大型结构变异，基于pacBio HiFi reads的测序方法仅检测到其中的72%。

此外，Bionano还指出，若采用pacBio和Strand-seq的组合测序方法，每个基因组的成本预计为10,000至20,000美元。但是，若使用Saphyr平台来绘制光学基因组图谱，则每个基因组的成本不到500美元。

Bionano表示，基于pacBio的测序方法确实能够单独检测出一些大型结构变异。不过，其中大多数的结构变异实际上是通过光学基因组图谱技术在后续分析中鉴定出的，但分类有所不同。总体而言，对于pacBio检测到的大型结构变异，仅有2%会被Saphyr平台所遗漏。

Bionano Genomics的CEO Erik Holmlin表示：“在这些研究中还有一点值得注意，那就是较长的读长可提高结构变异检出的准确性。由于pacBio努力达到Illumina的读取质量，那么它们的HiFi reads明显短于传统的long reads。相比之下，Saphyr成像的长度始终比pacBio reads长20到30倍。”在他看来，在目前可检测基因组中与疾病相关的结构重排的技术中，Saphyr算得上是既高效又经济。

pacBio的首席技术官 Jonas Korlach则在电子邮件中表示：“这项激动人心的研究将pacBio作为基本技术，公司对此表示感激。pacBio技术揭示了绝大多数报告的结构变异（超过10万个），覆盖了各种大小的遗传变异。”

“相比之下，光学图谱技术仅限于提供>5 kb的结构变异信息，贡献了大约1,600个独特变异，”Korlach指出。“此外，pacBio测序提供了精确且序列可分辨的结构变异断裂点以及插入的实际序列，这两者都是Bionano Genomics技术无法提供的。”

尽管如此，但投资者对Bionano的这一消息反应良好。Bionano的股价从周三下午开始攀升，一度达到0.78美元。周四开盘后则略有回落，目前股价为0.705美元。

投资银行Openheimer的分析师Kevin DeGeeter维持了Bionano股票的“优于大盘”评级，并将该公司股票的目标价格设定在1.50美元。他表示，该研究成果“证实了Saphyr在解析与癌症相关的复杂结构变异方面具有优势，能够检测神经发育相关区域中的插入缺失，并且与测序技术相比具有成本效益，因而具有广阔的临床应用前景” 。（生物通 薄荷）

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De novo assembly of 64 haplotype-resolved human genomes of diverse ancestry and integrated analysis of structural variation