转录组（de novo）测序是一种预测miRNA靶向基因的可靠方法，尤其是对没有参考基因组的生物。

在这项研究中，中国水产科学研究院戈贤平研究员团队将武昌鱼暴露于氨水（0.1或20mg/L）中之后，取鱼鳃制备两个cDNA文库并利用Illumina HiSeq2000进行测序。结果生成超过9,000万 reads，并经从头组装得到46,615个Unigenes。接着，通过比较不同的蛋白质数据库将其详细地注释，随后进行生物化学通路预测。2,666个Unigenes表达具有显著性差异。1,961个上调，975个Unigenes下调。其中，联合小RNA测序和miRNA靶基因预测，有250个Unigenes被鉴定为10个保守miRNA和4个新miRNA家族的靶基因。研究人员通过实时定量pCR检测ssa-miRNA-21和其靶基因的表达，发现检测结果与测序数据一致。

本研究表明通过分析转录组鉴定miRNA的靶基因是可行的。转录组数据的组装意味着可用的武昌鱼基因组资源的大幅增加，并有利于基因表达谱分析和miRNA功能注释。

本研究中的转录组测序(de novo)和小RNA测序联合分析均由联川生物协助完成，戈贤平课题组在文中致谢联川技术人员在测序和数据分析中提供的支持。

参考文献
Shengming Sun,et al.（2016）De novo assembly of the blunt snout bream (Megalobrama amblycephala) gill transcriptome to identify ammonia exposure associated microRNAs and their targets. Results in Immunology, doi.org/10.1016/j.rinim.03.001

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