贝勒医学院、麻省理工学院和哈佛大学布罗德研究所的研究人员以及圣路易斯华盛顿大学的临床医生已经确定了三阴性乳腺癌 (TNBC) 中与化疗耐药相关的生物标志物。该研究发表在《癌症发现》杂志上，由美国国家癌症研究所的临床蛋白质组学肿瘤分析联盟 (CPTAC) 资助。

“TNBC 是最难治疗的乳腺癌形式，标准治疗需要多种化疗药物，不幸的是，这些药物往往无法治愈患者，”第一作者和共同通讯作者、莱斯特大学医学助理教授 Meenakshi Anurag 博士说。贝勒的苏史密斯乳房中心。“我们必须开发预测反应的方法，以便只提供有效的治疗。此外，对标准药物没有反应的患者需要全新的治疗方法。治疗替代方案的发现将取决于对 TNBC 如何出现的新见解。”

研究小组使用他们之前开发的一种称为“微尺度蛋白质组学”的创新分析方法(Satpathy 等人，2020 年)来分析在卡铂和多西他赛联合化疗治疗之前从 TNBC 患者身上采集的肿瘤活检样本。来自标准 DNA 和 RNA 测序方法的数据与基于质谱的蛋白质组学和磷酸蛋白质组学分析相结合，以得出治疗反应性与治疗抗性肿瘤的更完整的分子画像。

“预处理活组织检查的蛋白质组学分析独特地揭示了与治疗抗性相关的代谢途径，包括脂肪酸代谢，”Anurag 说，他也是贝勒大学 Dan L Duncan 综合癌症中心的成员。当研究小组同时考虑蛋白质组学和基因表达数据时，他们观察到对化疗的敏感性以更高的 DNA 修复特征、干扰素 γ 信号传导和免疫检查点成分为标志。这些数据表明，化疗反应的多组学预测指标是可以实现的。

然后，该团队进行了分析，分析了治疗反应、染色体缺失或增加以及 mRNA 和蛋白质表达的一致减少或增加。这导致研究小组确定，位于 19q13.31-33 区域的第 19 号染色体上的缺失与对化疗治疗的耐药性有关。在该位置删除的数百个基因中，DNA 连接酶基因 LIG1 的表达是在 mRNA 和蛋白质水平上最常被抑制的基因之一。在模型系统和其他 TNBC 数据集中，LIG1 的表达缺失和/或缺失与选择性卡铂耐药性和不良临床结果相关。