CSHL科学家创建了遗传 常见嫌疑人的排名列表
我们的基因是什么让我们......我们已经不是什么秘密了!但基因通常也是导致衰弱性疾病的基础。了解任何疾病的主要线索之一是看到哪些基因在疾病发作期间表现异常。但是,通常不清楚异常的基因活动是否是手头疾病所特有的,或者仅仅是不健康身体的一般症状。现在,冷泉港实验室(CSHL)的科学家已经制定了一份通常的嫌疑人名单,这些嫌疑人可能对研究人员和临床医生来说非常宝贵。
“想象一个通灵者,”CSHL计算生物学家Jesse Gillis提出了这项研究。“当他们为观众做'冷读'时,他们会说'这里有人有Dave或大卫的名字'等等,对吗?他们做出非常可能的猜测。”
在那一刻,观众并没有考虑大卫这个名字的受欢迎程度,让旁观者戴夫被挑出来令人兴奋。
Gillis和博士后研究员Maggie Crow注意到,这种方式的陷阱对于将健康细胞的基因活性与疾病相关细胞的基因活动进行比较的研究可能会产生问题 - 这种研究称为“差异表达”。
他们认为,如果有人预测在寻找差异表达的过程中会发现哪种基因被鉴定出来,那么这种基因似乎与疾病有关,但这只是因为它与几乎所有疾病有关。
两人与不列颠哥伦比亚大学的paul pavlidis一起对大约27,000个样本进行了635个数据集的计算分析。他们发现有一些像“戴夫”这样的基因:它们很可能会受到任何疾病的影响,而这些疾病的外观并不令人惊讶。发现这种效应可以让团队识别出对特定条件具有独特性的基因。
在pNAS期刊中详述的结果“应该没有什么大惊喜,但精确量化它们是有价值的,”吉利斯说。“玛吉在这项工作上的天才正在悄悄地走下坡路,并说有生物过程可以推动这种变化。”
Crow指出驱动炎症的基因作为这些生物过程的一个例子。这些基因在癌症患者中非常活跃,但在其他疾病中也是如此,如阿尔茨海默氏症。这些信息嵌入在Gillis和Crow的列表中,为解释这些基因提供了背景信息。
“我们有一个排名列表,我们试图让它变得非常容易使用和构建,”Crow补充道。希望新数据能够帮助研究人员设计出更好的实验,发现新的药物靶点,并为各种疾病开发治疗方法。