商业基因检测公司广泛使用的一项技术在检测非常罕见的变异方面“极其不可靠”，这意味着表明个人携带罕见致病基因变异的结果通常是错误的，根据发表在《英国医学杂志》上的一项最新研究，在听说妇女被错误地告知BRCA1基因中有非常罕见的基因变异，可能会显著增加患乳腺癌的风险后，他们安排了手术，埃克塞特大学的一个研究小组利用近5万人的数据对这项技术进行了大规模分析。他们发现，这项技术错误地识别了大多数病例中存在的非常罕见的基因变异。

研究小组分析了SNp芯片，该芯片检测了基因组中数十万个特定位置的基因变异。虽然在检测常见的遗传变异方面表现出色，这些变异会增加患2型糖尿病等疾病的风险，但遗传学家早就知道，他们在检测罕见变异方面的可靠性较低。然而，这个问题在基因研究界之外不太为人所知，SNp芯片被直接向消费者提供基因检测的商业公司广泛使用。

Caroline Wright，埃克塞特大学医学院基因组医学教授，论文资深作者，他说：“SNp芯片在检测常见基因变异方面非常出色，但我们必须认识到，在一种情况下表现良好的测试不一定适用于其他情况。我们已经证实，单核苷酸多态性芯片在检测非常罕见的致病基因变异方面非常差，常常会产生假阳性结果，可能会产生深远的临床影响。这些错误的结果被用来安排不必要和不必要的侵入性医疗程序。”

研究小组将来自SNp芯片的数据与来自更可靠的下一代测序工具的数据进行了比较，这些数据来自英国生物银行的49908名参与者和另外21名分享消费者基因测试结果的人通过个人基因组计划。

这项研究得出结论，单核苷酸多态性芯片在检测常见基因变异方面表现非常出色。然而，变异越少，结果就越不可靠。在非常罕见的变异中，每10万人中只有不到1人出现，这是导致罕见基因疾病的典型变异，在英国生物库中，84%是假阳性。在来自商业客户的数据中，21个被分析的个体中有20个至少有一个假阳性的罕见致病变异基因被错误地分型。

埃克塞特大学基因组医学讲师、论文合著者Leigh Jackson博士，他说：“SNp芯片产生的罕见基因变异的假阳性率高得惊人。需要说明的是：一种非常罕见的，用SNp芯片检测出的致病变种，更可能是错的而不是对的。尽管一些消费者基因组公司在向消费者发布重要结果之前进行测序以验证其有效性，但大多数消费者也会下载他们的“原始”SNp芯片数据进行二次分析，而这些原始数据仍然包含这些不正确的结果。我们研究结果的意义非常简单：SNp芯片在检测非常罕见的基因变异方面表现不佳，除非经过验证，否则结果永远不应用于指导患者的医疗护理。”

Journal Reference:

Weedon MN, Jackson L, Harrison JW, Ruth KS, Tyrrell J, Hattersley AT Wright CF. Using SNp chips to detect very rare pathogenic variants: retrospective population-based diagnostic evaluation. The BMJ, 2021 DOI: 10.1136/bmj.n214

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University of Exeter. "Large-scale study finds genetic testing technology falsely detects very rare variants." ScienceDaily. ScienceDaily, 15 February 2021. <www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210215211036.htm>.

University of Exeter. (2021, February 15). Large-scale study finds genetic testing technology falsely detects very rare variants. ScienceDaily. Retrieved February 16, 2021 from www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210215211036.htm

University of Exeter. "Large-scale study finds genetic testing technology falsely detects very rare variants." ScienceDaily. www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210215211036.htm (accessed February 16, 2021).