【新冠病毒快速诊断】Abbott|基于NEAR技术的COVID-19快速诊断
据悉,雅培(Abbott)ID NOW分子诊断平台已经收到美国FDA的紧急使用授权(EUA),用于COVID-19诊断。厂家现已加大生产力度,从下周开始将每天向美国医疗系统提供5万次检测,预计4月份将生产500万个测试,以便帮助筛查感染人群。
ID NOW分子诊断平台技术上基于缺口内切酶扩增反应(nicking endonuclease amplification reaction,NEAR)技术,提供超快速DNA或RNA扩增,与荧光检测结合,能在13分钟或更短的时间内得到细菌或病毒检测结果(5分钟内得出阳性结果,15分钟内确定阴性结果)。
ID NOW™ COVID-19靶向冠状病毒SARS-COV-2的RdRp基因。用自制的临床鼻咽拭子评价ID NOW™ COVID-19的性能。样本是纯化的患者标本病毒RNA制作的鼻咽拭子,浓度约为2倍和5倍的SARS-CoV-2基因组【1】。
工作原理
NOW COVID-19 检测的前身是ID Now流感A & B检测(原名Alere i流感A/B),是FDA批准的流感快速即时检测系统,之前已经在美国各大医院推广使用。ID Now是一种采用缺口内切酶扩增反应(nicking endonuclease amplification reaction,NEAR)技术的等温核酸扩增【2】。
当检测目标为冠状病毒RNA时,其驱动力是两条模板(类似引物)和三种酶(耐热DNA聚合酶、逆转录酶和耐热缺口核酸内切酶),提供短扩增子的指数扩增,短时间内完成检测。
如图所示
A(1a)T2的识别区与互补靶区结合
A(2a)聚合酶沿靶区延伸
A(3a)第二个T2与同一目标结合并延伸,取代第一个T2
A(4a)T1的识别区与释放链中的互补链结合并延伸至5′端,形成双链缺口酶识别位点
A(5a)缺口酶结合并剪切(用剪刀表示)
A(6a)聚合酶沿着T1合成被切割的3′OH,取代剩余的靶互补链,最后延伸的双链复合物称为NEAR扩增双链
B(1a)缺口酶与两个识别位点结合
B(2a)两个位点的裂解和链位移产生两个复合物,每个复合物由一个双稳定区、一个缺口酶识别区和一个单链靶标组成
B(3a)重复切割、聚合和链置换,裂解聚合物被再生
B(4a)产物1和产物2分别退火到T1和T2,导致双向延伸和双链,模板和dNTps或酶耗尽时反应结束
ID NOW最初是为检测流感A&B、链球菌A和呼吸道合胞病毒于2014年首次推出的先进分子诊断平台。之前的前瞻性比较研究显示【3】,扩增反应和分析软件都进行了重大改良后的ID Now流感A & B对流感病毒A/B的检测灵敏度为93.2%/97.2%,特异性均大于97%。与实时RT-pCR检测平台对比(赛沛Xpert Xpress Flu assay和罗氏Cobas influenza A/B nucleic acid test),ID Now检测平台的无效率最低(0.5%),且获得阳性样本的时间更短。
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目前ID NOW™ COVID-19仅供应美国市场。
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参考文献:
1.ID NOW COVID-19 Quick Reference Instructions
2.Evaluation of Alere i Influenza A&B for Rapid Detection of Influenza
Viruses A and B
3.Comparison of the ID Now Influenza A & B 2, Cobas Influenza A/B, and Xpert Xpress Flu point-of-Care Nucleic Acid Amplification Tests for Influenza A/B Virus Detection in Children.