新型ViewRNA原位杂交方法揭示病毒生命周期
经典猪瘟(CSF) 是一种由经典猪瘟病毒(CSFV)引起的具有高度传染性和致命性的传染性疾病。更好的认识理解CSFV的复制周期对研究CSF的发病机理是很重要的。然而,CSFV RNA在感染细胞中的动态分布还不得而知,或当前方法对研究CSFV RNA的动态分布不够理想。例如,电子显微镜和IHC 只能检测到病毒颗粒,且检测灵敏度较低。 实时定量pCR只能检测总RNA,并不适合单个感染细胞中RNA复制的动力学研究。随着新型RNA原位杂交方法的的发展,在培养的细胞或组织切片中定量定位和可视化病毒RNA分子成为非常重要的解决这些关键致病问题的工具。
在这项研究中, 实验者建立了一种新型ViewRNA原位方法揭示CSFV RNA在pK15细胞中的复制周期以及动态分布,为研究CSFV致病机制奠定一个重要理论基础。
此研究结果证明,CSFV RNA进入pK15 细胞早于感染后0.5小时,相对于细胞质隐蔽期(感染后6–9小时),CSFV RNA曾已经在细胞核中存在过了。这个实验很适合研究CSFV RNA在细胞核中的的生命周期,或是说ViewRNA 原位杂交方法似乎非常适用于检测早期病毒感染阶段CSFV RNA 的动态分布,故其有助于研究CSFV的复制以及有助于设计和开发新的疫苗。
据我们所知,这是首次应用ViewRNA 原位杂交方法揭示毒性CSFV RNA在感染的pK15细胞中的动态分布,并且展现出非常好的特点,比如高灵敏度和高特异性。ViewRNA 原位杂交的灵敏度比荧光抗体试验 (FAT)和免疫组织化学 (IHC)方法高出3到4个数量级(见Fig.1)。特异性实验表明,ViewRNA 原位杂交高度特异性针对CSFV,和阴性对照以及其他猪传染性病毒没有交叉反应(见Fig.2)。
Fig. 1 a CSFV ViewRNA ISH反应灵敏度。靶基因CSFV RNA 显示红色亮点,内参β-actin显示绿色亮点,DApI染核显示蓝色区域。b CSFV FAT反应灵敏度。c CSFV IHC反应灵敏度。都使用没有被病毒感染的阴性细胞样品作为对照。
Fig. 2 CSFV ViewRNA ISH反应特异性。红色荧光代表CSFV RNA阳性信号,绿色荧光代表β-actin信号;使用没有被病毒感染的阴性细胞样品作为对照;“+”代表结果阳性,“-”代表结果阴性。
开启细胞内定位RNA分子的新时代----单拷贝级别灵敏度的ViewRNA原位杂交技术!
RNA 原位杂交除了是对传统蛋白水平上的IHC和DNA 水平上的DNA FISH的补充,而且又有其独特的优势: mRNA、lncRNA、miRNA、cirRNA、HBV cccDNA、各种病毒、特殊物种、神经细胞等等都能检测。不像病毒、特殊物种的IHC受抗体的限制,特别是病毒,一般比较复杂,分为很多亚型,变异性强,往往一种新的病毒出现时,还没有对应的抗体研发出来。且时下热门的lncRNA、miRNA、cirRNA由于不表达蛋白,故RNA水平的检测无疑是绝佳的选择。
传统的原位杂交技术局限于灵敏度、特异性不高,而大部分RNA拷贝数在细胞中都很少,而且像一些癌症病人来源的组织穿刺样本,样本本身量就特别少,所以高灵敏度的原位杂交技术就显得尤其重要。So,基于b-DNA信号放大技术的单细胞单拷贝级别灵敏度的ViewRNA原位杂交技术无疑开启了细胞内定位RNA分子的新时代!其特异性的双Z探针设计避免了传统长链RNA探针的弊端,配以自身级联放大检测原理,可以高效敏感地检测到目标RNA。
除了上述这些优点,ViewRNA的多重靶标共标定位、RNA与蛋白共定位是不是更酷更有吸引力!ViewRNA原位图必将助力发高分高质量文章!
该方法的具体优势列举如下:
1.应用广泛:针对任意RNA靶标的简单杂交分析,无放射性,无需抗体;
2.高特异性:基于**的探针组设计和branched DNA (bDNA)信号放大技术;
3.极高灵敏度:单细胞水平实现单拷贝级别灵敏度;
4.兼容降解的RNA样本;
5.无需RNase-free操作和环境要求,一天即可完成实验;
6.多重靶标共标定位;
7.实现RNA与蛋白共定位;
8.检测结果稳定一致性,兼容高通量自动化平台。
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